Он дебютировал за ЦСКА 31 марта 2001 в дерби со «Спартаком». Армейцы тогда уступили, но, несмотря на пропущенный мяч, Перхун был одним из лучших на поле.
Сергей провел в составе красно-синиих лишь 13 матчей, 6 из которых отыграл на ноль. За столь непродолжительную карьеру он успел стать одним из лидеров команды, а болельщики армейцев сразу же полюбили молодого, талантливого и улыбчивого голкипера.
Достал я сразу баннер "Ультрас"
его повесил на трибуну
Я прокричал их все кричалки
и песни все фанатские
на секторе их стадиона
срывался мат из свинных
А вы комманду поддержали б
без флагов фаеров и труб?