С 2003 года играл за дублирующий состав бразильского клуба «Коринтианс». За основной состав команды дебютировал 17 августа 2005 года в домашнем матче против клуба «Гояс», закончившемся со счетом 2:0. Ратиньо отличается хорошими скоростью, дриблингом и способностью точно бить по воротам соперника со штрафного удара. 25 августа 2007 года Эдуардо на правах аренды (на полгода с правом выкупа) перешёл в российский клуб ЦСКА (Москва).

Ратиньо дебютировал за ЦСКА 2 сентября 2007 года на 77-й минуте центрального матча тура против московского «Спартака». С его подачи на последних секундах встречи Игнашевич и Янчик смогли забить гол, который спас армейцев от поражения в дерби. Первый гол за ЦСКА Эдуардо забил 28 октября 2007 года в домашнем матче 28-го тура чемпионата России в ворота «Крыльев Советов» на 6-й минуте матча. По окончании сезона 2007 руководство ЦСКА решило не продлевать срок аренды из-за плохой игры Эдуардо в обороне и слабой физической подготовки, несмотря на неплохое умение игрока атаковать, и Эдуардо вернулся в «Коринтианс», выступавший в том сезоне в Серии Б чемпионата Бразилии. Бразилец ненадолго задержался на родине и почти сразу был арендован французской «Тулузой». В этом же году перешёл на правах аренды в бразильский клуб «Флуминенсе».

С 26 августа 2009 года выступал за клуб «Санту-Андре», в 2010 году перешёл в «Спорт Ресифи».

Останется ли в ЦСКА бразильский полузащитник Ратиньо, выступающий за армейцев до конца сезоны на правах аренды, зависит от руководства клуба.

"Пока я и сам понятия не имею, как сложится моя дальнейшая судьба. Живу сегодняшним днём и думаю только о том, чтобы помочь ЦСКА в настоящий момент. Поймите: останусь я в ЦСКА или нет, будет зависеть от руководства клуба. Я сейчас концентрируюсь только на футболе. Без всякого сомнения, я хотел бы остаться в Москве. ЦСКА – великий клуб, и любой футболист был бы рад играть в такой команде", – сказал Ратиньо в интервью изданию "Футбол плюс Хоккей".

Сегодня было объявлено о переходе Ратиньо в "Ботафого" , из которого якобы к нам летит юный Виллиам (Виллиан)